九龙城寨是众多黑帮虎视眈眈之地，其中以狄秋（任贤齐饰）、Tiger（黄德斌饰）和龙卷风（古天乐饰）为首的帮派，以及雷震东带领之另一帮派最为突出。两派经常在城寨打斗，试图赶绝另一方，争夺城寨的控制权，雷震东的手下陈占（郭富城饰）甚至在狄秋面前杀害其妻儿。某夜，两派再度厮杀，平日私交甚笃的龙卷风与陈占蒙眼进行生死决战，结果陈占败死，龙卷风承诺护他妻儿安全离开香港。最终，城寨落入狄秋等人手上。
八十年代，偷渡来港的陈洛军（林峯饰）在黑市打拳赚钱，以期买到一张身份证扎根香港，岂料因为拒绝加入黑社会，被黑帮老大“大老板”（洪金宝饰）所骗。情急之下，他抢走大老板的一袋毒品，逃亡期间误打误撞进入城寨，希望以此换钱，却被信一（刘俊谦饰）和龙卷风阻止。龙卷风把毒品和补偿金交予大老板，并要求陈洛军签下欠条。陈洛军于是在城寨工作还债，期间认识了其他城寨居民，与信一、十二少（胡子彤饰）及四仔（张文杰饰）结成莫逆之交。
城寨大地主狄秋多年来一直坚持寻找陈占之子，以为妻儿雪恨。适逢政府宣布即将清拆城寨，想借此分一杯羹的大老板告知狄秋，其仇人之子正是藏于城寨的陈洛军。狄秋和Tiger等人前往城寨，打算手刃陈洛军却不敌陈，但陈亦受重伤。其后，狄秋答应租出城寨，请求大老板等人进入城寨追杀陈洛军。大老板率领王九（伍允龙饰）等人冲入城寨追击陈洛军，龙卷风、信一、十二少和四仔等人出手阻止，但不敌练成硬气功的王九。龙卷风最终牺牲自己，掩护其他人负伤离开。陈洛军被众人成功救出城寨，由途人送入医院后转送难民营。
由于陈洛军证明自己在香港出生，因此顺利取得身份证。离开难民营后，陈洛军找到隐居在海边的信一等人，打算再入城寨为龙卷风报仇。另一边厢，大老板被龙卷风重创后留下暗疾，被野心勃勃的王九杀害。王九完全控制城寨，迫害城寨居民。陈洛军、信一、十二少及四仔重返城寨，与王九等人厮杀。由于王九身怀硬气功，四人的攻势几乎毫无作用。然而，王九因误吞刀刃，导致功法被破，最终遭四人合力围攻而亡。
片尾彩蛋：续作《九龙城寨之龙头》前导片段
1. 四人正在打麻將，大老板表示欲想退位让贤，将话事人(社团龙头)一职传给他人，西瓜叔被冷叔及龙趸叔推举，西瓜叔亦表示有意接受。雀局完结后，大老板手握黑帮最高权力象征龙头棍，出语威吓西瓜叔，西瓜叔欲想逃离现场，可惜不敌大老板而被重创，西瓜叔不断求饶，最终大老板命令王九将其杀害。
2. 龙卷风击杀陈占，缓步走出天后古庙外，高举陈占的外衣示众，这时被站在远处屋顶上的雷震东目睹，之后摇头叹息地步行离开。
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